微生物菌剂中含有大量人工扩繁的有益菌，这些有益菌施入土壤后，在适宜的温湿度条件下，可利用土壤中的有机质快速繁殖，很快成为优势菌种，占据植株周围的大量空间，抑制其它病菌的繁殖;同时，这些有益菌在繁殖过程中，还会产生溶菌物质，将其它病菌杀死，有效预防根腐病、纹枯病、枯萎病、黄萎病、立枯病、猝倒病等多种土传病害的发生。

　　促进作物生长，有益菌在土壤大量繁殖，并分泌出大量酶和激素内物质，如几丁质酶，生根素等物质，这些物质可改善土壤环境，促进作物生根和植株生长发育。达到增产和改善品质的目的。

　　改良土壤，有益菌在繁殖过程中所分泌胞外多糖物质，是土壤团粒结构的粘合剂，能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力，增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，还能调理土壤环境等多种作用。

　　提高肥料利用率，有益菌利用土壤中的有机质进行繁殖，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。与土壤中的磷、钾、钙、镁等金属离子结合，形成螯合态化合物，直接被作物根系吸收，提高肥料的利用率，同时，微生物菌还能解钾溶磷将难溶磷和钾分解转化为速效钾、速效磷，被作物根系吸收。大大提高肥料的利用率。